Tại Công văn số 2977/TCT-CS ngày 6/7/2017, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

Tại khoản 7 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Điều 13 của Luật thuế GTGT, các trường hợp hoàn thuế quy định như sau:

Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất sau bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT chưa được khấu trừ mà vẫn còn thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.”

Tại khoản 1 Điều 10 Nghị định số 209/2013/TT-BTC quy định: “Điều 10. Hoàn thuế GTGT

Việc hoàn thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Điều 13 Luật thuế GTGT vàKhoản 7 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT.

Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT chưa được khấu trừ mà vẫn còn so thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.”

Tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn: “Điều 18. Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT

Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì được hoàn thuế.”

Căn cứ theo hướng dẫn nêu trên và theo trình bày, kiến nghị của Cục Thuế TP. Hà Nội, Tổng cục Thuế thống nhất về nguyên tắc chung với đề xuất xử lý của Cục Thuế TP. Hà Nội tại Công văn số 22876/CT-PC của Cục Thuế TP. Hà Nội, cụ thể: Trường hợp Công ty CP SXKD gia súc gia cầm Hải Long (Hà Nội) có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết lũy kế từ 12 tháng trở lên tính từ tháng đầu tiên (hoặc từ 4 quý trở lên tính từ quý đầu tiên) phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết, nếu đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì Công ty thuộc đối tượng được hoàn thuế.

Tuy nhiên, theo báo cáo của Cục Thuế TP. Hà Nội thì từ năm 2007 đến 30/6/2016 Công ty liên tục kinh doanh lỗ và luôn phát sinh thuế GTGT còn được khấu trừ, không phát sinh thuế GTGT phải nộp, vì vậy đề nghị Cục Thuế kiểm tra, thanh tra tại Công ty để xác định, làm rõ việc chấp hành pháp luật thuế của Công ty để có cơ sở xem xét xử lý hoàn thuế.