Theo phản ánh của Chi nhánh Công ty TNHH TM Tân Thành tại tỉnh An Giang, Chi nhánh có làm đề nghị hoàn thuế từ tháng 10/2014 đến tháng 10/2015 đối với hai mặt hàng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật phát sinh từ tháng 10/2014 đến tháng 12/2014, thời điểm đó hai mặt hàng thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Năm 2015, Chi nhánh kinh doanh mặt hàng phân bón và thuốc trừ sâu, thời điểm này mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nên Chi nhánh chỉ kê khai khấu trừ thuế đầu vào của mặt hàng thuốc trừ sâu. Đến kỳ đề nghị hoàn tháng 10/2015 số thuế GTGT đủ thời gian âm 13 tháng liên tục.

Tuy nhiên, Chi cục Thuế huyện Châu Phú, tỉnh An Giang cho rằng, Công ty phải hạch toán số tiền này vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN, không được khấu trừ tiếp cho số thuế GTGT bán ra phát sinh trong năm 2015 của các mặt hàng chịu thuế.

Qua Hệ thống tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp trên Cổng TTĐT Chính phủ, Chi nhánh Công ty TNHH TM Tân Thành tại tỉnh An Giang đề nghị giải đáp, số thuế GTGT còn được khấu trừ đến ngày 31/12/2014 nêu trên có được khấu trừ tiếp cho số thuế GTGT bán ra phát sinh của các mặt hàng chịu thuế trong năm 2015 hoặc được hoàn số thuế GTGT còn được khấu trừ khi đủ điều kiện âm 12 tháng liên tục không?

Về vấn đề này, Bộ Tài chính trả lời như sau:

Căn cứ quy định tại Điểm b, Khoản 2, Điều 8 Luật Thuế GTGT năm 2008 về việc áp dụng mức thuế suất 5% đối với mặt hàng phân bón; Khoản 1, Điều 3 Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế hướng dẫn mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT; Điều 15 và Khoản 1, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, trường hợp Chi nhánh Công ty TNHH TM Tân Thành tại tỉnh An Giang kinh doanh mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT kể từ ngày 1/1/2015.

Tuy nhiên, trước ngày 1/1/2015 (từ tháng 10/2014 đến tháng 12/2014), Chi nhánh có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của mặt hàng phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT chưa được khấu trừ hết, nhưng Chi nhánh phải chờ đủ ít nhất 12 tháng khấu trừ lũy kế liên tục tính từ tháng 10/2014 để đề nghị hoàn thuế GTGT theo trường hợp quy định tại Khoản 1, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC.

Do đó, đối với số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của mặt hàng phân bón phát sinh trước ngày 1/1/2015 chưa đủ 12 tháng thì Chi nhánh được kê khai khấu trừ, xét hoàn thuế nếu đáp ứng đủ các điều kiện về hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định tại Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 10, Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính).

Kể từ ngày 1/1/2015, mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh mặt hàng phân bón phát sinh kể từ ngày 1/1/2015 không được kê khai, khấu trừ mà tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.