Vấn đề này được Bộ Tài chính trả lời như sau:

Theo Khoản 4 Mục VIII Thông tư số 71/2006/TT-BTC ngày 9/8/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2016 của Chính phủ đã quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập quy định, đối với đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm chi phí hoạt động và đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm một phần chi phí hoạt động.

Theo đó, hàng năm sau khi trang trải các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp khác theo quy định; phần chênh lệch thu lớn hơn chi (thu, chi hoạt động thường xuyên và nhiệm vụ nhà nước đặt hàng), đơn vị được sử dụng theo trình tự như sau:

Thứ nhất, trích tối thiểu 25% số chênh lệch thu lớn hơn chi để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp.

Thứ hai, trả thu nhập tăng thêm cho người lao động..

Thứ ba, trích lập Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi, Quỹ dự phòng ổn định thu nhập. Đối với Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi mức trích tối đa hai Quỹ không quá 3 tháng tiền lương, tiền công và thu nhập tăng thêm bình quân trong năm.

Trong trường hợp chênh lệch thu lớn hơn chi bằng hoặc nhỏ hơn một lần quỹ tiền lương cấp bậc, chức vụ trong năm đơn vị được quyết định sử dụng, như sau: Trả thu nhập tăng thêm cho người lao động, đồng thời, trích lập các quỹ: Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp (không khống chế mức trích tối thiểu 25% chênh lệch thu lớn hơn chi), Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi, Quỹ dự phòng ổn định thu nhập. Đối với Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi mức trích tối đa hai Quỹ không quá 3 tháng tiền lương, tiền công và thu nhập tăng thêm bình quân trong năm.

Căn cứ quy định trên, mức cụ thể chi trả thu nhập tăng thêm và trích lập các quỹ do Thủ trưởng đơn vị sự nghiệp quyết định theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.

Về trích lập Quỹ dự phòng căn cứ quy chế chi tiêu nội bộ, được quy định tại Khoản 2, Điều 20 Nghị định số 43/2006/NĐ-CP: “Quỹ dự phòng ổn định thu nhập để bảo đảm thu nhập cho người lao động”.

Điểm p, Khoản 2, Phụ lục số 01 hướng dẫn nội dung xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị sự nghiệp thực hiện chế độ tự chủ ban hành kèm Thông tư số 71/2006/TT-BTC quy định:  “Căn cứ quy định tại Nghị định và Thông tư hướng dẫn, đơn vị xây dựng quy chế trích lập và sử dụng cụ thể của từng quỹ:

Đối với đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm chi phí hoạt động và đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm một phần chi phí hoạt động: Quy định cơ chế trích lập quỹ đầu tư phát triển hoạt động sự nghiệp: Từ các hoạt động dịch vụ, tiết kiệm chi thường xuyên; khấu hao tài sản cố định dùng vào sản xuất kinh doanh; Cơ chế trích lập 2 quỹ khen thưởng và phúc lợi; Trích lập quỹ ổn định thu nhập (mức trích và quy định trường hợp sử dụng quỹ ổn định thu nhập)”.

Như vậy, theo các quy định nêu trên, đơn vị sự nghiệp quy định cơ chế trích, mức trích các Quỹ và trường hợp sử dụng quỹ dự phòng ổn định thu nhập trong Quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị để thực hiện.