Ngày 28/2/2023, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 13/2023/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP và sửa đổi bổ sung Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính.

Theo đó, Thông tư số 13/2023/TT-BTC đã sửa đổi, bổ sung quy định về giá tính thuế tại Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính. Cụ thể, đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, giá tính thuế GTGT thực hiện theo quy định tại khoản 1, Điều 1, Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ. Giá tính thuế đối với hoạt động sản xuất điện của Tập đoàn Điện lực Việt Nam cũng được thực hiện theo quy định này.

Thông tư số 13/2023/TT-BTC thay thế khoản 2, khoản 3, Điều 18 bằng khoản 2 mới về đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT. Theo đó, cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ.

Thông tư số 13/2023/TT-BTC cũng sửa đổi, bổ sung quy định về hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT tại Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021. Cụ thể, đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại khoản 3, Điều 1, Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ: Bản sao một trong các hình thức Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.

Thông tư số 13/2023/TT-BTC có hiệu lực kể từ ngày 14/4/2023. Quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện được áp dụng kể từ ngày Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ có hiệu lực thi hành theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ.

Trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế GTGT, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP, trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế ra quyết định điều chỉnh theo Mẫu quyết định số 38 ban hành kèm theo Nghị định số 118/2021/NĐ-CP ngày 23/12/2021 của Chính phủ.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung số thuế GTGT thu hồi hoàn thì cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế thực hiện theo Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính để điều chỉnh lại số tiền thuế GTGT thu hồi hoàn, tiền chậm nộp.

Thông tư số 13/2023/TT-BTC nêu rõ, số tiền thuế GTGT đã bị thu hồi hoàn (bao gồm trường hợp cơ sở kinh doanh chưa bù trừ số thuế GTGT bị thu hồi hoàn với số thuế GTGT phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh và trường hợp cơ sở kinh doanh đã bù trừ số thuế GTGT bị thu hồi hoàn với số thuế GTGT phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh), số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày 14/4/2023 được xử lý theo quy định tại Điều 25 và Mục 2 Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính.

Trường hợp hoàn trả số tiền thuế GTGT bị thu hồi hoàn nộp thừa sau khi đã xử lý số tiền thuế GTGT bị thu hồi hoàn theo quy định tại điểm này được thực hiện từ nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT.