Theo Công văn hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, các trường hợp chỉ thu phí 1 lần bao gồm: Hàng tạm nhập tái, xuất hoặc tạm xuất, tái nhập chỉ thu phí, lệ phí chỉ một lần khi làm thủ tục NK hoặc XK; Hàng gửi kho ngoại quan chỉ thu phí làm thủ tục Hải quan một lần khi làm thủ tục nhập kho, khi xuất kho không thu. Đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh chỉ thực hiện thu lệ phí tờ khai một lần khi làm thủ tục nhập cảnh tại cửa khẩu nhập, không thu lệ phí khi làm thủ tục xuất cảnh.

Ngoài ra, người nộp phí, lệ phí có thể nộp từng lần hoặc nộp theo tháng theo quy định như trước đây. Tuy nhiên, muốn nộp theo tháng người nộp phí phải đăng ký với tổ chức thu phí về việc nộp phí theo tháng.

Người nộp phí, lệ phí thực hiện nộp phí, lệ phí tiền mặt trực tiếp chơ cơ quan hải quan hoặc chuyển khoản vào tài khoản tiền gửi của cơ quan Hải quan mở tại Kho bạc nhà nước hoặc tài khoản của tổ chức được ủy nhiệm thu tại ngân hàng thương mại.