Theo dự thảo Thông tư, kể từ ngày 01/01/2017, các tổ chức, cá nhân thực hiện đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và chủ thể quyền sở hữu trí tuệ đã được bảo hộ theo quy định của pháp luật về sở hữu trí tuệ đề nghị cơ quan hải quan áp dụng các biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ phải nộp phí hải quan theo quy định tại thông tư này.

Tổ chức thu phí, lệ phí bao gồm: Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan; cơ quan hải quan nơi tiếp nhận đề nghị áp dụng các biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ; tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu phí, lệ phí.

Mức thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, phương tiện quá cảnh được 
Dự thảo đề xuất như sau:

Phí hải quan đăng ký tờ khai, mức thu 20.000 đồng/tờ khai; phí hải quan kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có yêu cầu bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, mức thu 200.000 đồng/1 đơn.

Lệ phí quá cảnh đối với hàng hoá và lệ phí đối với phương tiện cơ giới đường bộ quá cảnh (gồm: ôtô, đầu kéo, máy kéo) đều có mức thu 200.000 đồng/tờ khai, phương tiện.

Lệ phí đối với phương tiện cơ giới đường thủy quá cảnh (gồm: tàu thủy, ca nô, đầu kéo, xà lan), mức thu 500.000 đồng/phương tiện.

Các trường hợp được miễn thu phí hải quan, lệ phí hàng hóa, phương tiện quá cảnh đối với Tờ khai hải quan được dự thảo nêu cụ thể gồm:

Một là, hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân và cá nhân; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người; hàng bưu phẩm, bưu kiện được miễn thuế xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật hiện hành.

Hai là, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có có trị giá từ 1.000.000 đồng Việt Nam trở xuống hoặc có số tiền thuế phải nộp dưới 100.000 đồng Việt Nam gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh.

Ba là, hàng hóa có trị giá hải quan dưới 500.000 đồng hoặc có trị giá số tiền thuế xuất khẩu, nhập khẩu phải nộp dưới mức 50.000 đồng cho một lần xuất khẩu, nhập khẩu.

Bốn là, hàng hóa, phương tiện quá cảnh thực hiện theo quy định tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam tham gia hoặc là thành viên.

Thông tư này sẽ thay thế Thông tư số 172/2010/TT-BTC ngày 02/11/2010 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực hải quan; Điều 45 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Hàng năm, các cơ quan hải quan địa phương có nghĩa vụ tổng hợp từ các đơn vị trực tiếp thu phí và thực hiện lập dự toán số thu từ phí hải quan và nhu cầu chi đảm bảo thực hiện nhiệm vụ, tổng hợp chung trong dự toán thu, chi ngân sách nhà nước năm của đơn vị và gửi lên Tổng cục Hải quan để thẩm định và tổng hợp chung trong dự toán thu, chi ngân sách nhà nước năm của Tổng cục Hải quan gửi Bộ Tài chính.