So với thời kỳ 1961-1965, quy mô NSNN thời kỳ 1966-1975 tăng lên đáng kể. Cụ thể, số thu NSNN giai đoạn 1966-1970 tăng gấp 2 lần, từ 1971-1975 gấp 2,7 lần. Trong đó, số thu trong nước chỉ tăng chút ít trong thời gian chiến tranh phá hoại lần thứ nhất, sau đó nhờ kết quả khôi phục và phát triển kinh tế, thu trong nước tăng lên 1,6 lần so với giai đoạn 1961-1965. Đặc biệt, tỷ trọng nguồn thu trong tổng số thu NSNN trong giai đoạn 1961-1965 là 29%, giai đoạn 1966-1970 là 60,6% và 1971-1975 là 60,3%.

Về chi ngân sách, chi NSNN trong giai đoạn 1966-1970 tăng gấp 2 lần, trong 5 năm tiếp theo số chi NSNN tăng gấp 2,8 lần. Thực tế chi này dẫn tới NSNN lâm vào tình trạng bội chi liên tục, càng về những năm cuối chiến tranh, mức bội chi càng cao. Trong thời gian 1961-1965, bội chi 1,29%, chủ yếu tập trung vào năm 1965 - năm bắt đầu có chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ trên miền Bắc, từ năm 1966 đến năm 1975 bội chi 1,93%, riêng trong các năm 1971-1975 lên tới 3,26%.

Để phân phối, sử dụng nguồn thu, trên nguyên tắc bảo đảm thực hiện các nhiệm vụ chính trị, Nhà nước đã bố trí các khoản chi theo tinh thần tiết kiệm, sắp xếp cơ cấu chi NSNN sao cho hợp lý, giới hạn ở mức tối thiểu cần thiết.

Chẳng hạn như: Trong xây dựng cơ bản, Nhà nước điều chỉnh quan hệ đầu tư cho các ngành để tăng chi cho các lĩnh vực trọng điểm như nông nghiệp, giao thông vận tải trong phạm vi tổng mức đầu tư chỉ có thể bố trí vào khoảng 1/3 tổng số chi ngân sách (trong kế hoạch 5 năm 1961-1965 là 50%). Tuy nhiên, do nhu cầu thực tế về tài chính thời kỳ này quá lớn, có nhiều biến động, nên chi ngân sách vẫn vượt quá khả năng thu hàng năm, phải dùng vốn phát hành để bù đắp.

Trong bối cảnh đất nước lâm vào hoàn cảnh chiến tranh, thì bội chi NSNN là điều khó tránh khỏi. Tuy nhiên, bên cạnh yếu tố khách quan, bội chi NSNN trong thời kỳ này cũng do nguyên nhân chủ quan trong việc quản lý, phân phối, sử dụng NSNN gây thất thoát, lãng phí lớn NSNN. Thêm vào đó, với nguồn viện trợ không hoàn lại rất lớn trong khi sử dụng, quản lý nguồn này không chặt chẽ, không hợp lý. 

Nhìn chung, trong giai đoạn 1966-1975, cân đối NSNN gặp rất nhiều khó khăn, do ảnh hưởng của chiến tranh. Bối cảnh đó, cân đối NSNN chủ yếu dựa vào viện trợ và vay nợ trong chiến tranh. Đặc điểm này vừa phản ánh tính tất yếu lịch sử, vừa là yếu tố dẫn đến nguy cơ mất cân đối nghiêm trọng trong chiến tranh, khi nguồn viện trợ cho chiến tranh không còn nữa, mà nguồn thu từ nội bộ nền kinh tế quốc dân chưa có cơ sở tăng lên kịp đề bù đắp.

Trải qua muôn vàn khó khăn, thử thách trong chiến tranh, nền tài chính nước ta đã từng bước được kiện toàn để phù hợp với bối cảnh kinh tế - xã hội đất nước. Đây là thời kỳ có nhiều bổ sung, cải tiến về chính sách và cơ chế quản lý vừa đáp ứng nhu cầu của chiến tranh, vừa phù hợp với nhiệm vụ tiếp tục xây dựng Chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc.

Với hệ thống cơ chế, chính sách đã xây dựng, hoàn thiện trong thời gian kế hoạch 5 năm lần thứ nhất (1961-1965) bao gồm đủ 5 khâu (NSNN, tài chính xí nghiệp, tín dụng, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm Nhà nước), tài chính nước ta trong thời kỳ 1966-1975 đã mở rộng quy mô hoạt động, nâng cao tầm vóc của NSNN, kể cả ngân sách trung ương và ngân sách địa phương.