Ba phó trưởng ban, gồm: Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Trương Quang Nghĩa (Phó trưởng ban thường trực); Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng; Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Lê Minh Hưng.

Ban chỉ đạo gồm có Bộ phận điều phối giúp việc đặt tại Văn phòng Chính phủ và 2 tổ công tác. Trong đó, Tổ công tác 1 phụ trách tái cơ cấu tổ chức, chiến lược và định hướng phát triển; Tổ công tác số 2 có nhiệm vụ tái cơ cấu tài chính, bảo đảm nguồn trả nợ, vốn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh và đầu tư.

Ban chỉ đạo có nhiệm vụ tiếp tục nghiên cứu, tổ chức, đề xuất, triển khai thực hiện các chính sách, biện pháp để tái cơ cấu Tập đoàn công nghiệp tàu thủy Việt Nam theo đúng chỉ đạo của Bộ chính trị, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.