Theo đánh giá của Bộ Tài chính, tình hình hoàn thuế GTGT trong 6 tháng đầu năm tiếp tục có diễn biến phức tạp. Một số cục thuế như Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh đã phát hiện và xử lý doanh nghiệp (DN) lợi dụng chính sách của Nhà nước, có thủ đoạn, hành vi gian lận mới để chiếm đoạt tiền hoàn thuế của NSNN.

Trong khi đó, vẫn có cơ quan Thuế địa phương chưa chủ động phát hiện và phòng ngừa những hành vi vi phạm trong quản lý hoàn thuế GTGT; công tác thanh, kiểm tra hoàn thuế còn hạn chế; tỷ lệ thanh, kiểm tra trước và sau hoàn thuế chưa đạt yêu cầu.

Trong khi đó, theo yêu cầu của Chính phủ, ngành Thuế phải xây dựng và công khai cơ sở dữ liệu về hoàn thuế, bảo đảm hoàn đúng quy định của pháp luật, ít nhất 90% hồ sơ hoàn thuế theo đúng thời gian quy định. Vì vậy, Bộ Tài chính yêu cầu các cục thuế thực hiện hoàn thuế đúng chế độ 100% và đảm bảo ít nhất 90% hồ sơ hoàn thuế đúng thời gian quy định.

"Thời gian giải quyết hoàn thuế của cơ quan Thuế các cấp được tính kể từ ngày cơ quan Thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn của DN đầy đủ, đúng quy định đến ngày cơ quan Thuế ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc ban hành các thông báo về kết quả giải quyết hoàn"- Bộ Tài chính nêu rõ.

Cơ quan Thuế thực hiện kiểm tra 100% hồ sơ trước khi hoàn thuế đối với các trường hợp có rủi ro cao trong quản lý thuế, hoàn thuế GTGT. Cụ thể với hồ sơ thuộc diện hoàn trước, kiểm tra sau nhưng thuộc loại rủi ro cao thì cơ quan Thuế phải thực hiện kiểm tra kỹ hồ sơ, khi phát hiện có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan Thuế phải có văn bản đề nghị DN giải trình.

Trong văn bản này, Bộ Tài chính nêu rõ Cục trưởng Cục thuế phải chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp như: DN kinh doanh thương mại xuất khẩu có doanh thu lớn hơn nhiều lần so với số vốn điều lệ hoặc vốn chủ sở hữu (từ 3 lần trở lên), DN không có cơ sở vật chất như kho hàng, phương tiện vận tải; DN có hoạt động xuất khẩu không qua cửa khẩu quốc tế, cửa khẩu chính; DN kinh doanh thương mại mà số thuế GTGT đề nghị hoàn nhỏ hơn hoặc bằng số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá tồn kho; DN thành lập mới từ dự án đầu tư, DN thuộc danh sách rủi ro cao của cơ quan Hải quan, DN có số thuế hoàn tăng đột biến (trên 20% so với cùng kỳ năm trước)....

Bộ Tài chính cũng liệt kê các trường hợp không thực hiện hoàn thuế như: DN có hoạt động xuất khẩu qua cửa khẩu chính, phụ, đường mòn, lối mở biên giới đất liền... không có hoặc có nhưng không đảm bảo tính phù hợp giữa các chứng từ... DN có chứng từ thanh toán từ tài khoản vãng lai của khách hàng nước ngoài mở tại tổ chức tín dụng được phép hoạt động ở Việt Nam không đáp ứng các quy định của Bộ Tài chính; DN kinh doanh đối với những hàng hoá, dịch vụ kinh doanh có điều kiện nhưng không đáp ứng được điều kiện kinh doanh theo Luật DN và Luật Đầu tư...