Nghị định 20/2017/NĐ-CP nêu rõ, bên liên kết ngưỡng sở hữu được điều chỉnh tăng từ 20% lên 25%. Đồng thời, Nghị định cũng nếu rõ hai công ty sẽ không còn bị coi là có quan hệ liên kết nếu một bên kiểm soát trực tiếp hoặc gián tiếp 50% tổng doanh thu hoặc giá trị  mua nguyên vật liệu, hàng hóa đầu vào của bên kia.

Theo đó, một số doanh nghiệp nhỏ sẽ được miễn nghĩa vụ soạn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết  trong một số điều kiện cụ thể.  Hồ sơ  kê khai xác  định giá  giao dịch liên kết Nghị định 20 đưa ra yêu cầu về hồ sơ kê khai xác định giá giao dịch liên kết theo ba cấp nhằm thu thập được nhiều hơn thông tin về thuế của các công ty đa quốc gia.

Nghị định số 20 áp dụng hướng tiếp cận như đã được khuyến nghị trong Chương trình hành động số 13 (BEPS) (Hướng dẫn chuẩn bị báo cáo về chính sách giá và báo cáo lợi nhuận liên quốc gia).

Cụ thể, người nộp thuế phải chuẩn bị và lưu trữ Hồ sơ thông tin tập đoàn toàn cầu (Master file), Hồ sơ quốc gia (Local file) và Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (Country by Country report). Người nộp thuế phải cung cấp Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia trong trường hợp công ty mẹ tối hậu cũng có nghĩa vụ phải chuẩn bị và nộp báo cáo này cho Cơ quan thuế nước sở tại hoặc trong trường hợp người nộp thuế là Công ty mẹ tối hậu tại Việt Nam có doanh thu hợp nhất toàn cầu trong kỳ tính thuế từ 18 nghìn tỷ đồng Việt Nam trở lên.

Trường hợp người nộp thuế không cung cấp được Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia, người nộp thuế phải có văn bản giải trình lý do, căn cứ pháp lý và trích dẫn quy định pháp luật cụ thể của nước đối tác về việc không cho phép người nộp thuế cung cấp Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia.

Người nộp thuế được miễn nghĩa vụ chuẩn bị Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (nhưng không bao gồm các nghĩa vụ khác theo quy định của Nghị định) nếu thỏa mãn một trong các điều kiện sau:

Có tổng doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị tất cả các giao dịch liên kết phát sinh trong kỳ tính thuế dưới 30 tỷ đồng; Đã ký kết thoả thuận trước về phương pháp  xác định giá tính thuế (“APA”)  và nộp Báo cáo thường niên theo quy định pháp luật về APA;

Có doanh thu dưới 200 tỷ đồng, thực hiện các chức năng đơn giản và đạt được mức tỷ suất lợi nhuận thuần trước lãi vay và thuế trên doanh thu đối với các chức năng phân phối, sản xuất và gia công lần lượt là 5%, 10% và 15%.

Về quy định với hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo ba cấp phải được chuẩn bị trước thời điểm kê khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm, đồng nghĩa với việc người nộp thuế chỉ có 90 ngày (kể từ thời điểm kết thúc năm tài chính) để chuẩn bị hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.

Về mẫu tờ khai các giao dịch liên kết, Nghị định 20 yêu cầu người nộp thuế phải kê khai thông tin chi tiết về báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh theo nhóm giao dịch liên kết và giao dịch độc lập. Bất kỳ chênh lệch đáng kể nào giữa mức lợi nhuận thu được từ các giao dịch liên kết và giao dịch độc lập đều có thể làm gia tăng rủi ro cho người nộp thuế cũng như khiến cơ quan thuế đặt ra nhiều câu hỏi.

Người nộp thuế chỉ phát sinh giao dịch với bên liên kết trong nước có thể được miễn kê khai những thông tin trong mẫu tờ khai mới, với điều kiện người nộp thuế và bên liên kết đều áp dụng cùng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp. Đồng thời, không bên nào được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong cùng kỳ tính thuế .

Về khấu trừ chi phí, theo Nghị định 20, tổng chi phí lãi vay được khấu trừ cho mục đích tính thuế không vượt quá 20% chỉ số EBITDA ( lợi nhuận trước thuế chưa trừ chi  phí lãi vay và chi  phí khấu hao). Mặc dù được quy định trong Nghị định về giá giao dịch liên kết,  điều khoản này được áp dụng đối với cả khoản vay từ bên liên kết và bên độc lập.

Ngoài ra, tại Nghị định 20 không có điều khoản quy định về chuyển tiếp và hồi tố. Đối với các dịch vụ nội bộ, các tiêu chí xác định chi  phí được khấu  trừ cho mục đích tính thuế được đưa ra, cụ thể, người nộp thuế phải chứng minh dịch vụ nội bộ được nhận thực sự mang lại lợi ích kinh tế cho người nộp thuế, đồng thời phải đưa ra bằng chứng để chứng minh  tính hợp lý của phương pháp  xác định phí dịch vụ.

Các chi phí sẽ không được khấu trừ cho  mục đích tính thuế nếu người nộp thuế không chứng minh  được lợi ích trực tiếp và giá trị của dịch vụ đó đem lại đối với hoạt động kinh doanh của mình. Thêm vào đó, phần lãi do bên liên kết tính thêm trên chi phí trả cho bên thứ ba không được khấu trừ cho mục đích tính thuế trong trường hợp bên liên kết không đóng góp thêm giá trị cho dịch vụ đó

Nghị định 20 cũng cho phép cơ quan thuế có quyền sử dụng cơ sở dữ liệu nội bộ để ấn định thuế liên quan đến giá giao dịch liên kết trong trường hợp người nộp thuế bị coi là không tuân thủ với các quy định của Nghị định.

Nghị định 20 đã nhấn mạnh đến các phương pháp xác định giá giao dịch liên kết mà người nộp thuế áp dụng phải đảm bảo không làm giảm nghĩa vụ nộp ngân sách Nhà nước.