Tại quyết định này, có một số điểm mới rất đáng chú ý về cơ cấu bộ máy tổ chức của cơ quan thuế cấp trung ương (Tổng cục Thuế) và cấp địa phương (các cục thuế).

Cụ thể, cơ quan Tổng cục Thuế sẽ bao gồm 17 vụ, cục và đơn vị trực thuộc gồm: Vụ Chính sách, Vụ Pháp chế, Vụ Dự toán thu thuế, Vụ Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế, Vụ Kê khai và Kế toán thuế, Vụ Quản lý nợ và Cưỡng chế nợ thuế, Vụ Thanh tra - Kiểm tra thuế, Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn; Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp nhỏ và vừa và hộ kinh doanh cá nhân, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Kiểm tra nội bộ, Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Tài vụ quản trị, Văn phòng, Cục Công nghệ thông tin, Trường Nghiệp vụ thuế và Tạp chí Thuế.

Như vậy, trong cơ cấu bộ máy tổ chức của Tổng cục Thuế mới theo Quyết định 41/2018/QĐ-TTg, thì Vụ Quản lý thuế thu nhập cá nhân hiện nay được đổi thành Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp nhỏ và vừa và hộ kinh doanh, cá nhân.

Về lãnh đạo, Tổng cục Thuế có tổng cục trưởng và không quá 4 phó tổng cục trưởng. Tổng cục trưởng và các phó tổng cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Tài chính bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức theo quy định của pháp luật.

Đối với cơ quan thuế ở địa phương, có cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương theo đơn vị hành chính cấp tỉnh (gọi chung là cục thuế cấp tỉnh) thuộc Tổng cục Thuế.

Riêng Cục Thuế TP. Hà Nội và Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh được tổ chức không quá 11 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và không quá 10 phòng thanh tra - kiểm tra.

Cục thuế có số thu từ 2.500 tỷ đồng/năm trở lên (không kể thu từ dầu thô và đất), hoặc quản lý 2.000 doanh nghiệp trở lên (trừ Cục Thuế TP. Hà Nội và Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh) được tổ chức không quá 9 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và không quá 5 phòng thanh tra – kiểm tra.

Cục thuế có số thu dưới 2.500 tỷ đồng/năm (không kể thu từ dầu thô và đất), hoặc quản lý dưới 2.000 doanh nghiệp được tổ chức không quá 8 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và 1 phòng thanh tra – kiểm tra.

Cũng theo Quyết định 41/2018/QĐ-TTg, ngoài chi cục thuế các huyện, thị xã, thành phố như hiện nay, còn có chi cục thuế khu vực (gọi chung là chi cục thuế cấp huyện) trực thuộc cục thuế cấp tỉnh.

Cục thuế cấp tỉnh, chi cục thuế cấp huyện có tư cách pháp nhân, con dấu riêng và được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước theo quy định của pháp luật.

Cũng tại quyết định này, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ trưởng Bộ Tài chính chịu trách nhiệm thực hiện sáp nhập Trường Nghiệp vụ thuế vào Trường Cán bộ tài chính trước năm 2025.

Sắp xếp các chi cục thuế cấp huyện để đảm bảo đến năm 2020 còn 420 chi cục thuế.