Theo đó, căn cứ theo Điều 10 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Điều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là:Dự án được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu từ ngày 01/01/2014 và phát sinh doanh thu của dự án đó sau khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư.

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định phải được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện đầu tư mới không bao gồm các các trường hợp sau: Dự án đầu tư hình thành từ việc chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức doanh nghiệp theo quy định của pháp luật; Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu (bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh; mua lại dự án đầu tư đang hoạt động).

Doanh nghiệp thành lập hoặc doanh nghiệp có dự án đầu tư từ việc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi sở hữu, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất được kế thừa các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp hoặc dự án đầu tư trước khi chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất trong thời gian còn lại nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tại điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 3, Điều 20, Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định: Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại Khu công nghiệp (trừ Khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện – kinh tế xã hội thuận lợi).

Tại Khoản 2 Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC đã nêu rõ: Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế.

Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mới phát sinh doanh thu.”

Tại Khoản 2 Điều 23 Thông tư số 78/2014/TT-BTC hướng dẫn, doanh nghiệp có dự án đầu tư mà tính đến hết kỳ tính thuế năm 2013 còn đang trong thời gian thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm cả trường hợp đang được hưởng ưu đãi hoặc chưa được hưởng ưu đãi) theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp thì tiếp tục được hưởng cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản đó;

Trường hợp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP về thuế thu nhập doanh nghiệp thì được lựa chọn ưu đãi thuộc diện đang được hưởng hoặc ưu đãi theo quy định của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP về thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện ưu đãi đối với dự án đầu tư mới (bao gồm mức thuế suất, thời gian miễn thuế, giảm thuế) cho thời gian còn lại nếu đang thuộc diện hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư...

Tại Điều 13 Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015  bổ sung Khoản 2b Điều 23Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định, doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư vào khu công nghiệp trong giai đoạn năm 2009 – năm 2013, tính đến  kỳ tính thuế năm 2014 đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế (lĩnh vực ưu đãi hoặc địa bàn ưu đãi) theo quy định của Luật số 32/2013/QH13, Luật số 71/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành thì được hưởng ưu đãi thuế theo quy định của Luật số 32/2013/QH13, Luật số 71/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành cho thời gian còn lại kể từ kỳ tính thuế năm 2015.   

Như vậy, căn cứ các qui định trên và hồ sơ tài liệu Công ty cung cấp, trường hợp Công ty  thành lập theo giấy chứng nhận đầu tư ngày 18/8/2011, đi vào hoạt động chính thức năm 2011, kết quả kinh doanh lỗ liên tục 4 năm (đã được thanh tra thuế niên độ 2011-2014), năm 2015 là năm có thu nhập chịu thuế đầu tiên.

Công ty có dự án đầu tư mới, không thuộc trường hợp quy định tại Điểm b Khoản 3 Điều 10  Thông tư 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 nên Công ty được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN năm 2015 và giảm 50% thuế TNDN phải nộp trong 04 năm tiếp theo.