Căn cứ hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2015/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính; Căn cứ hướng dẫn tại Điểm b Khoản 3, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính; Căn cứ hướng dẫn tại Điểm a Khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính; Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 5 Công văn số 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 của Tổng cục Thuế về khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư:

“...Trường hợp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định của cấp có thẩm quyền (đối với trường hợp không phải cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư) không quy định rõ tiến độ thực hiện dự án đầu tư và việc đi vào hoạt động SXKD theo tiến độ thực hiện dự án đầu tư, thì kể từ thời điểm có doanh thu từ dự án đầu tư, người nộp thuế không được kê khai riêng số thuế GTGT đầu vào phát sinh từ dự án đầu tư mà phải tổng hợp kê khai cùng với thuế GTGT của hoạt động SXKD và đề nghị hoàn thuế đối với hoạt động SXKD.”

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên và theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Thanh Hóa: Trường hợp Công ty CP Nhất Nam Thành có dự án đầu tư xây dựng khách sạn tại TP. Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa thì trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động nếu Công ty xuất trình được hồ sơ, tài liệu về việc Công ty trực tiếp quản lý, không thành lập Ban quản lý dự án và Chi nhánh của Công ty thành lập tại Nha Trang không có chức năng quản lý dự án đầu tư, không có tài khoản riêng thì Công ty CP Nhất Nam Thành thực hiện khai thuế, hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính theo hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều 11 Thông tư số156/2015/TT-BTC Điểm b Khoản 3, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 và Điểm a Khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Kể từ thời điểm có doanh thu từ dự án đầu tư, trường hợp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định của cấp có thẩm quyền (đối với trường hợp không phải cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư) không quy định rõ tiến độ thực hiện dự án đầu tư và việc đi vào hoạt động SXKD theo tiến độ thực hiện dự án đầu tư thì Cục Thuế tỉnh Thanh Hóa, Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa hướng dẫn Công ty CP Nhất Nam Thành và Chi nhánh Công ty tổng hợp kê khai số thuế GTGT được khấu trừ của dự án đầu tư cho Chi nhánh tại Khánh Hòa để kê khai cùng với thuế GTGT của hoạt động SXKD và đề nghị hoàn thuế đối với hoạt động SXKD theo hướng dẫn tại Điểm 5 Công văn số 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 của Tổng cục Thuế.