Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13 quy định: 

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.””

Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP quy định: “6. Điều 10 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 10. Hoàn thuế GTGT

2. Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế GTGT và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn: “3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:

3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

 a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Căn cứ các quy định nêu trên, đề nghị Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh liên hệ với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Giao thông vận tải để xác định trường hợp Công ty CP vận tải biển GLS có hoạt động mua tàu cũ sau đó tiếp tục đầu tư mua máy tàu, mua vật tư sửa chữa thay thế, chạy thử trước khi được cấp phép hoạt động vận tải có được xác định là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư hay không để xử lý theo quy định.