Các doanh nghiệp sau được lựa chọn áp dụng gia hạn nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) khâu nhập khẩu và hoàn thuế GTGT đối với máy móc thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư: Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa đi vào hoạt động;

1. Doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư (xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất) trực tiếp hoặc ủy thác thực hiện nhập khẩu máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định. Khi những doanh nghiệp này gặp khó khăn khách quan về tài chính như chưa có nguồn tài chính để nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu; đang phải vay ngân hàng để nhập máy móc, thiết bị đầu tư cho sản xuất kinh doanh; hoặc trường hợp nếu không được thông quan hàng hóa sẽ bị thiệt hại lớn thì ưu đãi sẽ được áp dụng nếu doanh nghiệp đáp ứng đủ 3 điều kiện pháp luật quy định như sau: Doanh nghiệp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đầu tư; có con dấu, thực hiện chế độ kế toán theo quy định pháp luật; có tài khoản tại ngân hàng;

2. Có tổng giá trị nhập khẩu máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định từ 100 tỷ đồng trở lên;

3. Dự án đầu tư sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Gia hạn nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu

Doanh nghiệp được gia hạn nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu kể từ khi lô hàng hóa nhập khẩu đầu tiên về cảng với giá trị chưa đến 100 tỷ đồng. Thời gian gia hạn tối đa là 60 ngày từ lúc hết thời hạn nộp thuế theo quy định. Hàng hóa sẽ được thông quan ngay khi hoàn thành việc kiểm tra bởi cơ quan hải quan. Hồ sơ xin gia hạn thuế GTGT có thể được nộp trực tiếp tại cơ quan hải quan , gửi bằng đường bưu điện, hoặc thông qua giao dịch điện tử .

Khi chấp thuận việc gia hạn, cơ quan hải quan sẽ ban hành thông báo bằng văn bản về việc đồng ý cho gia hạn trong thời gian 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ. Hoàn thuế GTGT

Trong trường hợp doanh nghiệp lựa chọn hình thức hoàn thuế GTGT thì cần lưu ý trong bộ hồ sơ gửi đến cơ quan có thẩm quyền sẽ chưa bao gồm chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu. Khi doanh nghiệp đã nộp hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, chính xác theo quy định thì trong thời gian tối đa 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế có trách nhiệm thông báo cho doanh nghiệp được biết hồ sơ đã đủ điều kiện hoàn thuế, lúc này doanh nghiệp mới bổ sung chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu theo yêu cầu. Sau 3 ngày kể từ ngày nộp chứng từ nộp thuế GTGT bổ sung nêu trên, cơ quan thuế sẽ kiểm tra đối chiếu chứng từ nộp thuế với số liệu đã kê khai trong hồ sơ, từ đó ra quyết định hoàn thuế. Trong giai đoạn này có thể xảy ra 2 trường hợp như sau:

Số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ thấp hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu. Trường hợp này số thuế được hoàn là số thuế ghi trên chứng từ nộp thuế; Số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ cao hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu. Đối với trường hợp này thì số thuế được hoàn là số thuế đề nghị hoàn ban đầu. Phương thức nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT tương tự với thủ tục gia hạn nộp thuế GTGT đã nêu.

Doanh nghiệp cần lưu ý, đối với máy móc, thiết bị được dùng để làm tài sản cố định chuyên dùng của tổ chức tín dụng, kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo,…thì không được hưởng các ưu đãi được nêu trên.