Cụ thể, căn cứ khoản 19, Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 quy định đối tượng miễn thuế là: “Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để bảo vệ môi trường bao gồm:

Máy móc, thiết bị, phương tiện dụng cụ, vật tư chuyên dùng nhập khẩu trong nước chưa sản xuất được để thu gom, vận chuyển, xử lý chế biến nước thải, rác thải, khí thải, quan trắc và phân tích môi trường, sản xuất năng lượng tái tạo; xử lý ô nhiễm môi trường, ứng phó, xử lý sự cố môi trường;…”

Căn cứ khoản 3 Điều 25 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định: “Căn cứ để xác định hàng hóa nhập khẩu thuộc danh mục máy móc, thiết bị, phương tiện, dụng cụ, vật tư chuyên dùng nhập khẩu để thu gom, vận chuyển, xử lý, chế biến nước thải, rác thải, khí thải, quan trắc và phân tích môi trường, sản xuất năng lượng tái tạo; xử lý ô nhiễm môi trường, ứng phó, xử lý sự cố môi trường; sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải thực hiện theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường”.

Căn cứ khoản 6 Điều 40 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định: “Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành Danh mục hoặc tiêu chí để xác định máy móc, thiết bị, phương tiện, dụng cụ, vật tư chuyên dùng nhập khẩu để bảo vệ môi trường và sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ hoạt động tái chế, xử lý chất thải”.

Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường chưa ban hành Danh mục hoặc tiêu chí để xác định máy móc, thiết bị, phương tiện, dụng cụ, vật tư chuyên dùng nhập khẩu để bảo vệ môi trường theo quy định tại khoản 3 Điều 25, khoản 6 Điều 40 Nghị định 134/2016/NĐ-CP làm căn cứ để cơ quan hải quan áp dụng chính sách thuế cho doanh nghiệp.

Để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan đề nghị Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh hướng dẫn chủ đầu tư dự án Nhà máy xử lý nước thải lưu vực Tham Lương - Bến Cát có văn bản đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường xác nhận hàng hóa nhập khẩu phục vụ dự án là hàng hóa nhập khẩu để bảo vệ môi trường theo quy định tại khoản 19 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 làm căn cứ để cơ quan hải quan áp dụng chính sách thuế.

Khi Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành Danh mục hoặc tiêu chí để xác định máy móc, thiết bị, dụng cụ, vật tư chuyên dùng nhập khẩu để bảo vệ môi trường theo quy định tại khoản 3 Điều 25, khoản 6 Điều 40 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, nếu hàng hóa nhập khẩu cho dự án không thuộc danh mục hoặc tiêu chí như xác nhận của Bộ Tài nguyên và Môi trường thì chủ đầu tư phải kê khai nộp thuế, tiền chậm nộp theo quy định.