Căn cứ những quy định tại khoản 10, Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC sửa đổi Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào là: “Có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam".

Đồng thời tại Khoản 8, Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC quy định về thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

Đối với trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế".

Căn cứ quy định pháp luật nêu trên, nếu sau khi hết thời hạn kê khai thuế Công ty phát hiện số thuế GTGT nộp thay nhà thầu nước ngoài đã kê khai, khấu trừ có sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Trường hợp khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra phát hiện và truy thu việc xử lý số thuế GTGT truy thu đó theo kết quả thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế. Đơn vị căn cứ quy định pháp luật và thực tế vi phạm để xử lý theo kết luận thanh tra, kiểm tra.